Fu costruita nell'VIII secolo nell'area del foro della città greco-romana sulle rovine del tempio dei Dioscuri. A decorrere dal XVI secolo la chiesa paleocristiana venne notevolmente ristrutturata ad opera degli architetti Francesco Grimaldi e G.B. Cavagna.
 
L'interno a croce latina è a tre navate con cappelle laterali. Nella volta, divisa a vari scomparti, si ammirano affreschi di Massimo Stanzione, raffiguranti le gesta degli apostoli Pietro e Paolo.
 
Mirabili sono gli affreschi del Solimena nella sacrestia, con scene della Conversione di San Paolo, la Caduta di Simon Mago e le Virtù. Nel 1671, su progetto di Dionisio Lazzari, fu ampliato il prospetto della Basilica che racchiude due delle originarie colonne di ordine corinzio che adornavano il pronao dell'antica struttura pagana.