L'ordinanza n. 3566/2007 ha previsto la possibilità per il Commissario delegato di avvalersi di organismi e/o strutture con funzioni consultive e/o operative. Esse sono:
È previsto che il Sindaco Commissario delegato svolga i suoi compiti "anche avvalendosi di non più di due soggetti attuatori, cui affidare specifici settori di intervento per materia o progetti determinati, sulla base i direttive di volta in volta impartite dal medesimo Commissario". Con i decreti commissariali nn. 3 e 4 del 12/04/2007 il Commissario delegato ha proceduto all'individuazione dei soggetti attuatori delle opere e degli interventi del Commissario, tenendo separate l'area degli interventi di competenza del Comune di Napoli dall'area dell'Autorità Portuale di Napoli. Si tratta di due figure di carattere operativo, in quanto curano in nome e per conto del Commissario tutte le attività inerenti agli interventi funzionali al superamento della situazione emergenziale, ad eccezione degli atti aventi carattere generale e concernenti i rapporti con altri enti ed amministrazioni, che restano ascritti alla competenza esclusiva del Commissario medesimo.
L'articolo 2 comma 5 dell'ordinanza dà al Sindaco Commissario delegato la possibilità di costituire un organismo con funzioni consultive composto "dagli assessori dell'amministrazione comunale di Napoli competenti nelle materie di interesse". Con il decreto n. 1 del 19/03/2007 il Sindaco Commissario ha a tal fine costituito la "Cabina di regia degli interventi di cui all'OPCM n. 3566/2007", presieduto dallo stesso Sindaco e composta da 8 Assessori del Comune di Napoli, che opera ogni qualvolta sia necessario "individuare le linee strategiche" delle attività da porre in essere.
Si tratta di un organismo di cui fanno parte esponenti del mondo accademico, di amministrazioni pubbliche, di ordini professionali e di enti la cui attività si esplica nei settori della mobilità e dell'ambiente, cui sono ascritte funzioni di supporto tecnico ed amministrativo rispetto alle attività del Sindaco Commissario e degli stessi soggetti attuatori. Con tale organismo è facoltà del Sindaco Commissario attivare una strategia virtuosa che porti alla scelta condivisa e consapevole delle modalità di intervento. Lo stesso Commissario delegato può altresì di volta in volta invitare a partecipare alle riunioni del comitato, in relazione alla peculiarità delle materie da trattare, rappresentanti di altri enti ed amministrazioni a qualunque titolo interessati.
L'articolo 2 comma 1 dell'OPCM prevede l'istituzione di una struttura di supporto all'attività del Commissario. Di essa fanno parte dipendenti e dirigenti del Comune di Napoli e dell'Autorità Portuale di Napoli, scelti in base ad un criterio che garantisca continuità tra l'attività ordinariamente svolta dagli stessi e le funzioni straordinarie attribuite al Commissario. La struttura, formalmente istituita dal Sindaco Commissario nel mese di aprile 2007 e successivamente modificata ed integrata con decreto n. 23 del 23 aprile 2008, ha il compito di garantire l'espletamento del corretto iter procedurale per l'attuazione delle singole opere la cui realizzazione è prevista nel cronoprogramma. Al suo interno sono in particolare individuate otto aree con competenze di carattere prettamente tecnico:
Della Struttura Commissariale fanno inoltre parte 10 unità di personale tecnico assunto con contratto a tempo determinato, selezionato attraverso un bando di concorso pubblico.