Dal 1982 il complesso monumentale è stato dato in consegna alla Soprintendenza per i Beni Artistici e Storici di Napoli, che ha destinato il piano superiore del carcere alto a sede della biblioteca di storia dell'arte "Bruno Molajoli".
Oggi il Castello è sede degli uffici della Soprintendenza Speciale per il Polo Museale Napoletano ed è diventato un centro di documentazione del patrimonio artistico campano.
Inoltre, sono stati recuperati gli ampi spazi degli ambulacri e del carcere alto destinati ad ospitare importanti mostre d'arte antica e contemporanea.