Il "Museo del Mare" è attualmente ospitato nei locali dell'Istituto Tecnico Nautico "Duca degli Abruzzi" di Napoli, in via di Pozzuoli, 5, a Bagnoli. Viene proposto alla cittadinanza, come Museo del Mare di Napoli per colmare una lacuna tra i musei scientifici della città, per favorire la diffusione di una "Cultura e conoscenza del Mare", onde permettere una migliore salvaguardia dell'eredità culturale marittima e nautica di Napoli.
 
Il patrimonio del "Museo del Mare" attualmente rappresenta una testimonianza unica della evoluzione della marineria napoletana degli ultimi tre secoli. Il nucleo iniziale del Museo del Mare risale al 1904 anno in cui il Regio Istituto Tecnico "Duca degli Abruzzi" di Napoli, che vantava una lunga e illustre tradizione nel settore della didattica dell'arte della navigazione e della conoscenza dell'ambiente marino, ottenne l'autonomia scolastica nella storica sede di via Tarsia.
 
Il Museo del Mare, per il valore del suo patrimonio scientifico e tecnico, è stato riconosciuto (a partire dal 21/12/1992) dal Ministero del Turismo e Spettacolo come Museo Navale Europeo, oggi come Museo di interesse regionale. Costituisce una realtà di cui andare giustamente orgogliosi con un più che centenario patrimonio di eccellenza tanto da meritare una medaglia d'oro alla Esposizione Universale di Bruxelles del 1910 ed alla Esposizione Universale di Genova del 1914.
 
Nel 1992, costituitosi come struttura specializzata interna all'Istituto Nautico, in occasione delle "Colombiadi" è diventato fruibile dal territorio con un orario di apertura al pubblico. Nel 1997 è diventato membro dell'Associazione dei Musei del Mare del Mediterraneo, promossa dal Museo Marittimo di Barcellona. Nel 2007 si è costituito come Fondazione Thetys - Museo del Mare, acquisendo, nel dicembre dello stesso anno, il riconoscimento di Museo di interesse regionale.